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Las mutaciones en el genoma de SARS-CoV-2 pueden afectar al gen que codifica el antígeno espicular (S), que interactúa con el receptor específico de la célula huésped, seleccionando variantes mutantes con alteraciones en su capacidad infectiva, potencial patógeno y resistencia a los anticuerpos neutralizantes. En la nomenclatura de las variantes se utiliza una forma «coloquial» que suele hacer referencia al país o lugar de detección, un código de la base de datos «Pangolín» y uno de la página «Nextstrain». Entre las nuevas variantes que se han ido propagando se incluyen la Británica B.1.1.7 (20I/501Y.V1), la Sudafricana B.1.351 (20H/501.V2), la Brasileña P.1 (20J/501Y.V3), las Californianas B.1.427 y B.1.429 (20C/S:452R) y la más reciente, la India B.1.617 (VUI-21APR-01). El método de referencia para la identificación de las variantes es la secuenciación del genoma completo. Sin embargo, ya se han desarrollado técnicas de PCR (reacción en cadena de la polimerasa por sus siglas en inglés Polymerase Chain Reaction) en tiempo real para la detección de mutaciones específicas que pueden facilitar su identificación presuntiva. El impacto de estas variantes en los programas globales de vacunación ha suscitado inquietud. En general se piensa que, dado que la respuesta evocada por la vacuna frente al antígeno S se dirige a la totalidad de la proteína y las mutaciones sólo afectan a regiones concretas, el efecto de escape a los anticuerpos vacunales será sólo limitado. Entre las estrategias futuras propuestas para la inmunoprotección se ha sugerido el incremento del número de dosis, la alternancia vacunal y el desarrollo de vacunas específicas frente a diferentes variantes.