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Las bacterias anaerobias son un componente fundamental de la microbiota de las mucosas humanas, en especial de la boca, la porción inferior del tubo digestivo y la vagina. Las infecciones que producen suelen estar relacionadas con la alteración de las barreras naturales presentes en estas estructuras o con la aparición de isquemia tisular, al necesitar para su desarrollo un bajo potencial de oxidorreducción. En su patogenia se incluye también la elaboración de factores de virulencia, la capacidad de algunas especies para resistir los microambientes oxigenados, el sinergismo con otras bacterias y la resistencia a determinados antibióticos. Este tipo de infecciones suelen ser polimicrobianas, lo que complica su asilamiento. El método MALDI-TOF ha facilitado la identificación más rápida y fiable de estos microorganismos y actualmente es el de elección. La primera aproximación diagnóstica es clínica, y en ella tiene un papel importante la localización anatómica. El tratamiento suele incluir una combinación de antibióticos de amplio espectro, junto con un abordaje quirúrgico en muchos casos. Algunas infecciones de la piel y las partes blandas, de la orofaringe y estructuras adyacentes y del parénquima pulmonar están entre aquellas en las que se debe sospechar la implicación de gérmenes anaerobios. Son infecciones con una elevada morbimortalidad. El conocimiento de los síndromes clínicos con participación anaerobia en estas localizaciones facilita el diagnóstico correcto y el tratamiento adecuado.