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El objetivo del estudio fue analizar la efectividad de un programa de rehabilitación respiratoria en pacientes obesos sedentarios con síndrome de apnea obstructiva del sueño (SAOS) en el que se incluyó la realización de ejercicio físico terapéutico. Estudio cuasi-experimental de 2 grupos, grupo intervención y grupo control, no aleatorizados con evaluación pre/post. Se seleccionaron 47 pacientes del hospital diagnosticados de SAOS con obesidad y en tratamiento médico, los cuales fueron tratados por el mismo equipo y siguiendo los mismos criterios diagnósticos. Se registraron las siguientes variables: índice de masa corporal, poligrafía respiratoria, capacidad de ejercicio, patrón de comportamiento sedentario y calidad de vida. Se realizó una comparación pre/post a los 3 meses. Se analizaron 38 pacientes y los resultados obtenidos al comparar los valores pre/post de todos los individuos muestran diferencias significativas en forma de mejora en todas las variables analizadas a excepción del comportamiento sedentario. En la comparación pre/post entre los grupos se aprecia una diferencia significativa (p=0,049) en la percepción de la calidad de vida, concretamente, en la dimensión de los síntomas diurnos (0,42; IC 95%: 0,48-1,33), indicando una tendencia a la mejora en el grupo que ha realizado el programa de ejercicio propuesto. En conclusión, la combinación del tratamiento médico de los pacientes durante un mínimo de 6 meses junto con la realización del programa de rehabilitación respiratoria en el que se incluye el ejercicio físico terapéutico genera una tendencia a la mejora clínica de estos, aumentando su calidad de vida, pero sin ningún tipo de cambio en su comportamiento sedentario.