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Aunque existe evidencia científica que demuestra la relación de causalidad del virus papiloma humano (VPH) sobre el carcinoma escamoso de cabeza y cuello, su porcentaje de causalidad en las distintas regiones anatómicas permanece todavía en controversia. El presente estudio tiene como objetivos evaluar la relación del VPH con el carcinoma escamoso de cavidad oral y orofaringe (CECOO) en la población de referencia, y estudiar la correlación entre diferentes pruebas de detección del VPH basadas en métodos de PCR e inmunohistoquímica. Estudio retrospectivo en pacientes tratados de CECOO durante el año 2011, con un seguimiento de 6 años. La muestra se dividió en 2 grupos según la positividad a VPH, detectado mediante 2 técnicas: p16 por inmunohistoquímica y PCR. Se analizaron variables demográficas y clínicas mediante SPSS® 22.0, considerando una significación estadística con p<0,05. Se analizaron 155 pacientes afectos de CECOO (edad media de 62,7 años y un 69% varones). Veintiséis casos resultaron p16+ (16,8%) y 19 casos PCR+ (12,3%). Los tumores VPH+ se localizaron predominantemente en orofaringe (42,1%; p=0,017) y mostraron una tendencia a ser más frecuentes en el sexo masculino, mayor incidencia en pacientes más jóvenes, menos en fumadores y bebedores, y mayor afectación ganglionar cervical en el momento diagnóstico. Los pacientes PCR+ presentaron mayor supervivencia (p=0,024), al igual que los p16+ (p=0,005). El estudio concluyó que la incidencia de VPH en CECOO actualmente es baja (12,3%), pero la presentación clínica y el pronóstico del paciente VPH+ difiere del clásico paciente fumador y/o bebedor, lo que implica valorar el manejo de estos pacientes de forma independiente. La tinción inmunohistoquímica para p16 tiene una gran capacidad diagnóstica para predecir el VPH (95,5%), aunque la herramienta de referencia sigue siendo la detección de secuencias del genoma del VPH.